Территория расположена вблизи пригородов Красноярска, в непосредственной близости к правому берегу Енисея, между его притоками - Базаиха, Мана и Большая Слизнева. Заповедник расположен на Куйсумском хребте Манского Белогорья в системе хребтов Восточного Саяна.